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C'est l'apogée de  la ville médiévale. Elle est directement rattachée à l'empereur germanique, l'archevêque en est le seigneur et non le comte de  Bourgogne.
Les remparts et les portes font  de la ville un espace  fermé, un monde à part en raison de son statut et de ses privilèges.
Églises et bâtiments  conventuels ou hospitaliers se multiplient et le pouvoir épiscopal reste dominant. Mais les premiers signes du pouvoir bourgeois apparaissent avec la mairie du Maisel  et la tour du change de 1242 attestant d'une ouverture aux marchands étrangers. Rodolphe de Habsbourg accorde une charte à la bourgeoisie en 1290.
La ville se différencie entre les quartiers proches du pont, commerçants, artisanaux et affairistes et le quartier épiscopal. Rivalité et complémentarité caractérisent cette époque.
Au XVI e siècle, la boucle  et Battant se densifient et s'embellissent. Un ensemble continu de constructions s'étend du quartier épiscopal  au quartier Battant le long des trois  rues parallèles. La densité  des constructions et l'étroitesse des rues conservent des caractères médiévaux aux quartiers nord et sud, mais des hôtels particuliers et des bâtiments publics comme  l'hôtel de ville ou le palais de justice construits à la fin du XVI e siècle apportent une qualité architecturale indéniable à la cité.
Le palais Granvelle  est le  fleuron monumental de ce siècle. Si la ville n'était pas siège du pouvoir comtois, elle bénéficiait des dépenses de la famille de Granvelle enrichie par les services de Nicolas auprès de Charles-Quint et d'Antoine auprès de Philippe II.
La ville perfectionne ses fortifications en fermant le rempart qui longe le  Doubs au sud-ouest et en améliorant la défense de la porte  de Charmont au nord.

 D'environ 8 000 habitant au début du XVI e siècle, Besançon passe à près de 12 000 habitants à la fin du XVI e

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Mise en ligne : Décembre 2002