Un rappel paraît nécessaire pour différencier centre ville et ville-centre. Le premier est un ensemble de quartiers marquant souvent l'origine historique de la ville et doté de fonctions variées  parmi lesquelles le commerce, la culture et les pouvoirs politique et financier dominent. À  Besançon, il s'agit de la vieille ville enfermée dans la boucle du Doubs et des quartiers immédiatement au Nord avec extension sur des îlots plus récents comme les quartiers Canot-Villarceau. cf. le commentaire de la carte sur le tertiaire à Besançon.
   La ville-centre correspond à l'ensemble urbain de la commune à l'origine de l'urbanisation locale. Besançon, avec une vaste commune de 65 km² a longtemps limité sa croissance à son propre territoire communal sans étalement sur les communes périphériques les plus proches. C'est pourquoi, la ville n'a pas été à l'origine d'une agglomération avant les années 1970-80. Aujourd'hui encore, l'agglomération est restreinte à quelques communes comme École-Valentin, Châtillon-le-duc, Thise, Chalezeule, Beure ou Avanne-Aveney car elles sont les seules à offrir une continuité de constructions dans le prolongement de Besançon. On l'aura compris, l'agglomération définit l'espace urbain d'un seul tenant entre la ville-centre et les communes de banlieues. Cet ensemble est aussi appelé pôle urbain car sa croissance et son fonctionnement relève souvent des mêmes dynamiques et d'interactions fortes.
   Depuis 1996, l'INSEE a introduit une nouvelle délimitation de l'espace  urbain, celle de l'aire urbaine. Elle englobe toutes les communes, urbaines ou rurales, dont au moins 40% de la population active résidente travaille dans la ville-centre ou l'agglomération. L'aire urbaine bisontine compte 186 communes, 212 844 habitants en 1999 sur 1380 km². Cette aire est  vaste quand on la compare à  d'autres en France: l'aire de Rennes ne compte que 140 communes et rassemble pourtant 520 000 habitants, celle  de Nice 117 communes pour 933 000 habitants...
    Enfin, s'il existe des districts urbains depuis 1959,  Besançon et 41 communes périphériques n'en ont constitué un qu'à partir de 1994 et, depuis janvier 2001, il a été transformé en une Communauté d'agglomération (la Communauté d'Agglomération du Grand Besançon = C.A.G.B.). (On en dénombre 120 en France à la fin  2001). Cette CAGB est une construction politique permise par la loi Chevénement de 1999. Dotée de compétences jusque là attribuées aux communes, transports, logement social, développement économique, alimentation en eau et assainissement, collecte des déchets, la CAGB intègre 59 communes et 170 696 habitants au début 2003. En plus d' une dotation de l'État, une Taxe Professionnelle Unique (TPU) fournit ses recettes. Elle est progressivement unifiée au taux de 13.3% d'ici 2013.